任何资质的申请都是遵循着相关的法律依据的，在申请互联网药品交易服务资格证书时，主要依据的法律法规及政策如下：

1、《药品管理法实施条例》(国务院令第360号)第十九条 通过互联网进行药品交易的药品生产企业、药品经营企业、医疗机构及其交易的药品，必须符合《药品管理法》和本条例的规定。互联网药品交易服务的管理办法，由国务院药品监督管理部门会同国务院有关部门制定。

2、《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》(国务院令第412号)互联网药品交易服务企业审批由国家食品药品监督管理局和省级人民政府食品药品监督管理局负责。