申请互联网药品交易服务资格证书需要到国家药监局提交相关申请材料，整个流程中，需要准备大量的文档、软件系统必须按照评测要求进行设计开发，且现场验收需要具备相应的运营条件、人力组成、医药专员等，比且系统需要尽量进行IDC机房托管，购置相应的安全设备和软件。具体流程如下：

1、与具有医药电子商务平台建设经验的服务商合作(效率更快，系统更成熟)，或者自行开发一套具备提供网上交易服务的网上药店系统。

2、将网上药店系统提交给国家药监局规定的具有相关评测能力和授权的软件评测中心机构进行评测，如赛宝、广东软件评测中心等。评测的具体内容包括以下几点：

a)软件平台的中文特性、易用性、安全性、稳定性、效率性、安全文档、使用文档、开发文档等等。

b)评测周期大概在2周左右完成，费用大概在4万元左右。

c)评测完成，评测中心提交软件评测通过报告。

3、企业根据评测中心提供的评测报告，以及相关申请文档、管理文档、组织机构文档、售后说明文档、服务文档、权益保障文档等等，提交给当地的省药监局进行申请现场验收。

4、省药监局安排专员到企业电子商务运营中心进行现场查看、询问、验收工作，如现场验收完成，大约在30个工作日内提供药品交易服务许可证。