在互联网药品信息服务资格证书的申请过程中，是需要准备以下申请材料的，包括了：

1、《互联网药品信息服务申请表》（一式三份）（登录国家食品药品监督管理局网站www.sfda.gov.cn，点击“互联网药品信息服务在线申请”，在线申请并直接打印与申请内容一致的申请表）；

2、企业营业执照复印件（新办企业提供工商行政管理部门出具的名称预核准通知书及相关材料）；

3、网站域名注册的相关证书或者证明文件（从事互联网药品信息服务网站的中文名称，除与主办单位名称相同的以外，不得以“中国”、“中华”、“全国”等冠名；除取得药品招标代理机构资格证书的单位开办的互联网站外，其它提供互联网药品信息服务的网站名称中不得出现“电子商务”、“药品招商”、“药品招标”等内容。）；

4、网站栏目设置说明（申请经营性互联网药品信息服务的网站需提供收费栏目及收费方式的说明）；

5、网站对历史发布信息进行备份和查阅的相关管理制度及执行情况说明；

6、食品药品监督管理部门在线浏览网站上所有栏目、内容的方法及操作说明；

7、药品及医疗器械相关专业技术人员学历证明或者其专业技术资格证书复印件、网站负责人身份证复印件及简历，以及人员的聘用合同复印件；

8、健全的网络与信息安全保障措施，包括网站安全保障措施、信息安全保密管理制度、用户信息安全管理制度；

9、保证药品信息来源合法、真实、安全的管理措施、情况说明及相关证明；

10、申请材料真实性的自我保证声明，并对所提交材料作出如有虚假承担法律责任的承诺；

11、申办人身份证复印件；申办人不是法定代表人的，还应提交法定代表人委托书。