通常来说，保健食品经营企业卫生许可证的办理是需要经过以下办理流程的，包括了：

1、递交申报材料齐全。符合受理条件，发给《受理通知书》；申报材料不齐全，不符合受理条件的，一次性告知补正全部材料；

2、自受理之日起，10个工作日内组织现场验收，验收合格的，发给《保健食品经营企业卫生许可证》；验收不合格的，将不合格原因告知申请人并退回申请资料。