保健食品经营企业卫生许可证是需要经过食品药品监督管理局审批的。依据《中华人民共和国食品安全法》（中华人民共和国主席令第九号（第二十九条、第五十一条）、《 中华人民共和国行政许可法》（中华人民共和国主席令第七号）、《保健食品管理办法》（卫生部令第46号）、《食品卫生许可证管理办法》（卫监督发[2005]498号）