保健食品生产企业卫生许可证的审批部门为食品药品监督管理局。依据《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国行政许可法》、《中华人民共和国食品安全法实施条例》、《保健食品管理办法》、《保健食品良好生产规范（GB17405-1998）》，保健食品生产企业是需要取得保健食品生产企业卫生许可证的。