在保健食品GMP证书的办理过程中，需要准备以下办理材料，包括了：

1．申请报告；

2．保健食品生产管理和自查情况；

3．企业的管理结构图；

4．营业执照、保健食品批准证书的复印件（新建厂无需提供）；

5．各剂型主要产品的配方、生产工艺和质量标准，工艺流程图；

6．企业专职技术人员情况介绍；

7．企业生产的产品及生产设备目录；

8．企业总平面图及各生产车间布局平面图（包括人流、物流图、洁净区域划分图、净化空气流程图等）；

9．检验室人员、设施、设备情况介绍；

10．质量保证体系（包括企业生产管理、质量管理文件目录）；

11．洁净区域技术参数报告（洁净度、压差、温湿度等）；

12．其他相关资科。