在认证申请过程中，是需要准备以下申请材料的，包括了：

1、保健品GMP认证申请表；

2、《保健食品生产企业生产许可证》和《营业执照》（复印件）； 

3、保健食品生产管理和质量管理自查情况(包括企业概况、生产和质量管理情况及人员培训情况)；

4、保健食品生产企业（车间）组织机构图（注明各组织部门的名称、功能及相互关系、部门负责人）；

5、保健食品生产企业（车间）的负责人简历；检验人员文化程度登记表；技术人员专业、学历、职称、岗位情况一览表，高、中、初级技术人员占总员工数的比例情况表；

6、保健食品生产企业(车间)的周围环境图、总平面布置图及仓储平面布置图；质量检验场所平面布置图；

7、保健食品生产车间概况及工艺布局平面图［包括更衣室、盥洗间、人流和物流通道、气闸等，并标明人、物流向和空气洁净度等级及第三方(检测机构)检测报告］，空气净化系统的送风、回风及排风平面布置图，工艺设备平面布置图；

8、主要品种情况及申请审查剂型或品种工艺流程图，并注明主要过程控制点及控制项目；

9、保健食品生产企业（车间）灭菌设备、空气净化系统及清洁验证情况；

10、保健食品生产企业（车间）生产管理、质量管理及验证文件目录；

11、主要审查范围所涉及品种的连续3批生产记录复印件（新开办的保健食品生产企业）及三批样品；

12、生产管理和质量管理自查情况(按照GMP审查表顺序)；

13、其他需要提供的资料（产品说明书及标签样稿）。